در مقیاس جهانی، تنها بخش کوچکی از مساحت زمین‌ها برای کشاورزی مناسب است. بنابراین، حاصلخیزی خاک بسیار حائز اهمیت است. میکروارگانیسم‌های خاک نقش مهمی در روند حفظ حاصلخیزی خاک دارند. آن‌ها مهم‌ترین عوامل در تبدیل (تغییر) مواد آلی و معدنی مختلف هستند که عملکرد گیاهان را تحت تاثیر قرار می‌دهند. کوددهی شدید خاک با کودهای معدنی تأثیر منفی بر روی میکروارگانیسم‌های خاک دارد و تنوع گونه‌ای میکروارگانیسم‌ها را به شدت کاهش می‌دهد که این امر باعث ایجاد زمینه‌هایی برای ایجاد ارگانیسم‌های بیماری‌زا می‌شود. از این رو با تشدید فعالیت‌های کشاورزی، تحقیقات در مورد تنوع و فعالیت میکروارگانیسم‌های خاک اهمیت ویژه‌ای پیدا می‌کند. تحقیقات مختلف نشان داده است که تنوع بیشتر جوامع میکروارگانیسمی، تأثیر تعیین کننده‌ای بر کیفیت خاک دارد.

کوددهی خاک با کودهای آلی باعث افزایش جرم و تنوع میکروبیوتای خاک می شود که برای تجزیه ترکیبات آلی و تغذیه گیاه بسیار مهم است. برای مثال کودهای دامی بستر خاک را با کربن آلی غنی می‌کند، حاصلخیزی آن را افزایش می‌دهد و پایداری خاکدانه‌های خاک را افزایش می‌دهد. اخیراً استفاده از کودهای آلی دانه‌ای که نه تنها از گاو بلکه از بستر طیور تهیه می‌شوند، که سرشار از مواد مغذی در دسترس گیاهان است و عاری از بذر علف‌های هرز و عوامل بیماری‌زا است، رواج یافته است. استفاده از کودهای حیوانی برای کوددهی توصیه می‌شود، اما اثرات آن بر جوامع میکروارگانیسم‌های خاک به طور قطعی روشن نشده است. برخی از مطالعات اخیر نشان می‌دهد که کودهای خوکی و مرغی به طور قابل توجهی فراوانی باکتری‌های خاک را با افزایش نیتروژن کل خاک افزایش می‌دهد. مطالعات میکروارگانیسم‌های خاک به دلیل فراوانی زیاد آن‌ها در حجم کمی از خاک بسیار دشوار است اما از نظر پایداری اکوسیستم، متابولیسم خاک و حاصلخیزی بسیار مهم است. کودهای آلی می‌توانند فعالیت میکروبی خاک را از طریق بهبود فعالیت آنزیمی خاک و افزایش بیومس میکروبی افزایش دهند. جذب ترکیبات آلی کودی در خاک، تأثیر زیادی بر جوامع میکروبی خاک دارد که برای اکوسیستم‌های کشاورزی مهم هستند و نقش‌های کلیدی مانند تشکیل خاکدانه‌ها، تشکیل هوموس خاک، چرخه مواد مغذی، تجزیه ترکیبات مختلف و سایر دگرگونی‌ها را دارد.

با وجود اهمیت حضور میکروارگانیسم‌های مفید که افزایش تولیدات کشاورزی را به همراه دارند، حضور میکروارگانیسم‌های بیماری‌زا می‌تواند منجر به کاهش بازدهی و تولید محصول شوند. اما استفاده‌ی کشاورزان از سمومی که طیف وسیعی از میکروارگانیسم‌های خاک را تحت تاثیر قرار می‌دهند، سبب از بین رفتن میکروارگانیسم‌های مفید و مضر به صورت همزمان می‌شود و به عملکرد گیاه به طور جدی آسیب وارد می‌کنند. به همین دلیل استفاده از این ترکیبات باید با دقت و یا با استفاده از محصولات ارگانیک و طبیعی انجام شود.

به دلیل افزایش هزینه کودهای شیمیایی، کاهش ریزمغذی‌های خاک، خطرات زیست‌محیطی و بهداشتی در استفاده از کودهای شیمیایی، مصرف کودهای آلی در کشاورزی اخیراً توجه بسیاری را به خود جلب کرده است. اثرات مخرب کودهای شیمیایی بر روی خاک فوراً دیده نمی‌شود زیرا خاک‌ها به دلیل اجزای تشکیل دهنده خود دارای قدرت بافری قوی هستند، اما ترکیبات سمی توسط محصولات به سرعت جذب شده و باعث آسیب به انسان و حیواناتی می‌شود که از آن‌ها تغذیه می‌کنند.